Первое упоминание о храме относится к 1460 г., когда на месте нашего храма стоял другой, маленький и деревянный. В истории сохранились разные названия того места, где был построен храм — «в Лужниках», «в Лужках», «в Лучниках».
Существует несколько версий происхождения этих названий. По наиболее распространённой версии здесь были лужки для выгона скота, чьим покровителем считался великомученик Георгий, и около которых находилась Коровья площадка, где купцы торговали крупным рогатым скотом. По другим версиям названия произошли от торговцев луком или изготовителей луков со стрелами.
В 1657 г. в «Сторельной книге» (книга о постройке новых и восстановлении укреплений старых городов в XVI-XVII вв.) впервые упоминается каменная Георгиевская церковь.
В XVII веке на месте деревянной церкви на средства купца Гаврилы Никитича Романова был возведён двухэтажный каменный храм и колокольня, соединённая с храмом галереей — гульбищем. В 1693 году главный, нижний, храм был освящён Патриархом Московским и всея Руси Адрианом во имя святого великомученика Георгия Победоносца, а верхний — в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. Отстоящая от храма колокольня, этого же времени, была соединена с ним галереей — гульбищем.
За свою многовековую историю храм св. Георгия претерпел много бед и лишений. Однако Господь был милостив, и во время французского нашествия и пожара в Москве 1812 года он горел, но уцелел и был мало разграблен. В последующие 1825-29 годы храм был отремонтирован и заново расписан, а иконостас вызолочен.
В 1862 году храм приобрёл современный вид. Галерея между ним и колокольней была снесена. Появились два симметричных придела: южный — преподобного Феодора Сикеота, возведённого иждивением купчихи Мазуриной Александры Васильевны и северный — преподобного Нила Столобенского, построенный на средства купца Садомова А. К.
В начале XX века на колокольне находилось 11 колоколов, из которых два были отлиты в XVII веке. На одном из них, весом в 56 пудов, имелась надпись, что его пожертвовал купец Пётр Никитин.
В храме находилось немало икон и утвари XVII-XVIII веков: серебряные напрестольные кресты и богослужебные сосуды, чтимые иконы Божией Матери Голубицкая и Иверская, иконы святителя Николая Чудотворца, вмч. Георгия Победоносца и другие. Верхний Благовещенский храм украшало медное посеребрённое паникадило XVII века.
В 1932 г. храм был закрыт и находился в ведении НКВД. Были утрачены шатёр колокольни, завершение храма, главы над приделами, ограда с воротами.
До полной неузнаваемости перестроен фасад паперти с западной стороны, выходящей к Политехническому музею, заложены проёмы звона колокольни, пробито несколько новых проёмов, заложен западный, главный вход.
Были утрачены или повреждены многие детали наружного убранства.
Внутри храма возведены междуэтажные перекрытия, много временных перегородок, грузовой лифт, ванна, туалеты. Иконостасы были утрачены, стеновая роспись полностью уничтожена.
Сначала в храме располагалось общежитие НКВД, а потом обувная мастерская КГБ. Были установлены станки, от работы которых в стенах образовались обширные трещины.
При строительстве электрической подстанции в 2-х метрах от стен храма фундамент его потерял устойчивость и дал усадку, что увеличило трещины в стенах и их разрушение.
За полвека здание храма не ремонтировалось и к середине 1980-х годов пришло в тяжёлое аварийное состояние. Здание церкви было изуродовано до такой степени, что проходящие мимо люди не узнавали в нём православный храм. Так оно и стояло заброшенным, пока в 1993 году не было передано Русской Православной Церкви.
В том же 1993 г. образована православная община и начаты ремонтно-восстановительные работы.
Из храма были убраны станки, перекрытия и их металлоконструкции, перегородки. Территория вокруг расчищена от забетонированной в землю арматуры, укреплён фундамент и стены.
К празднованию 850-летия столицы правительством Москвы были выделены средства на восстановление западного фасада и колокольни. Все остальные реставрационные работы ведутся, в основном, силами прихода и добровольных помощников, на благотворительные пожертвования.
В 1996 году возобновлены регулярные богослужения в правом приделе преп. Феодора Сикеота.
Осенью 1997 года впервые зазвучал перезвон с колокольни храма, на которой установили набор колоколов Каменск-Уральского литья.
На храме, до того обезглавленном, в 2000 году был водружён вызолоченный крест — точная копия исторического креста.
В 2001 г. завершены работы по реставрации верхнего храма в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, и возведён величественный и великолепный иконостас. Здесь и стали совершаться регулярные богослужения.
А в 2005 году были закончены работы по восстановлению главного алтаря храма и возведению Георгиевского иконостаса. И большая часть богослужений теперь совершается именно здесь.
В настоящее время ведутся работы по реставрации южного придела преподобных Нила Столобенского и Феодора Сикеота — укрепление фундамента, оштукатуривание стен, возведение иконостаса, написание икон и т.д.
С ноября 1884 года по март 1893 года в нашем храме в сане диакона служил известный московский старец — святой праведный Алексей Мечёв.
На юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви, состоявшемся в августе 2000 года в числе сонма новомучеников и исповедников Российских канонизирован в лике священномучеников последний настоятель нашего храма протоиерей Владимир Проферансов. Отец Владимир был секретарём Святителя Тихона, Патриарха Московского и всея Руси, и за отказ сотрудничать с НКВД был осуждён, сослан в ссылку в Семипалатинск Казахстанский, затем приговорён тройкой ОГПУ и расстрелян 15 декабря 1937 года на Бутовском полигоне под Москвой, вместе с десятками тысяч других мучеников.
Память священномученика Владимира Лубянского (Проферансова) празднуется в нашем храме 15 декабря. Впервые такая торжественная служба прошла в декабре 2000 года, ко времени которой была написана его икона. Ко дню 70-летия мученического подвига сщмч. Владимира Лубянского был отреставрирован северный придел храма, посвящённый его имени, устроен иконостас и оборудован алтарь. 15 декабря 2007 года состоялась первое праздничное богослужение.